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福建师范大学研究生院（官网：yjsy.fjnu.edu.cn）现有21个一级学科博士学位授权点，34个一级学科硕士学位授权点，19个硕士专业学位授权点。福建师范大学研究生院现有在校研究生近8000人，其中博士生近800人，硕士生7200余人，已培养了近27000名硕士研究生和1200余名博士研究生。

福建师范大学的研究生教育，可以追溯到20世纪60年代，1978年恢复招收研究生，1981年被国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位，1993年被批准为博士学位授予单位。学校于1984年成立研究生科，1993年成立研究生处，2003年成立研究生教育学院，2005年设立研究生工作部，2012年成立福建师范大学研究生院。